Në vitet në vijim, buxheti i MSH-së vazhdoi të rritet, por pesha që ai zinte ndaj Buxhetit Qëndror nisi të bjerë. Nga 14.1% në 2005-n, në vitin 2008 shëndetësia mori vetëm 9.5% të fondeve qëndrore, cfarë flet për një ulje të rëndësisë që po zinte ky sektor në politikat qëndrore.
Viti 2009 u shoqërua me një rritje të ndjeshme të fondeve, 15.8% krahasuar me 2008-n, ndërsa 2010-a rezulton me një rënie të lehtë. Viti 2011 karakterizohet si nga një rritje si e buxhetit të MSH-së, 14.5% krahasuar me 2010-n, edhe nga rritje e peshës në Buxhetin Qëndror.
Ministria e Shëndetësisë e realizon qëllimin e saj nëpërmjet katër programeve: Administrim, Menaxhim, Planifikim; Kujdesi Parësor; Kujdesi Dytësor dhe Shëndeti Publik.
Ndër këto programe, pjesën më të madhe të fondeve e thith Kujdesi Dytësor, që lidhet me shërbimin spitalor. Ky program ka pësuar një rritje të madhe të financimit, për të arritur maksimumin në vitin 2009 me 16.3 miliardë lekë. Në vitin 2010 fondet e tij u ulen me 6% krahasuar me 2009-n, megjithatë ato ishin 40% më të larta se sa në vitin 2005.
Duhet theskuar se një pjesë e madhe e fondeve të Ministrisë së Shëndetësisë administrohen nga ISKSH-ja. Që prej vitit 2007, ISKSH është përgjegjëse për ofrimin e shërbimit të Kujdesit Parësor dhe që nga 2009-a i Kujdesit Dytësor. Për realizimin e këtyre funksioneve, nëpërmjet Ministrisë së Shëndetësisë bëhet transferimi i fondeve nga Buxheti Shtetit për te ISKSH. Këto ndryshime detyrash po e largojnë MSH-në nga roli i saj tradicional në menaxhimin direkt të shërbimeve shëndetësore, për tu fokusuar më shumë në hartimin e politikave, planeve, strategjieve të zhvillimit dhe rregullatorit të sistemit shëndetësor.
Të dhënat për vitet 2003, 2004, 2005, 2006, 2011 i përkasin Buxhetit të Konsoliduar fillestar
Të dhënat për vitin 2007 i përkasin Buxhetit Suplementar
Të dhënat për vitet 2008, 2009, 2010 i përkasin Buxhetit të Konsoliduar, pas Aktit Normativ
Për vitin 2003 mungojnë të dhënat për shpërndarjen e buxhetit të Ministrisë së Shëndetësisë sipas programeve.
* Buxheti i Ministrisë së Shëndetësisë në periudhën 2003-2011 Buxheti i Ministrisë së Shëndetësisë në periudhën 2003-2011